1970年-
コロンビア中部沿岸部にある「サンヒエロニモ半島」。
軍事的な理由から世界地図に正確な地形が記されてない、
この死者の半島に異変が起きていた
CIAのある特殊部隊が、軍の機密を盗み、半島を占拠したのだ。
その特殊部隊の名前はFOX。
兵士(ソルジャー)と諜報員(エージェント)を兼ね備えた能力を持つ
潜入部隊諜報部隊である。
その土地は、撤退したキューバ基地に代わり
ソ連が中距離ミサイル基地を建設しようとしていた場所であった。
だが、60年代末緊張緩和により基地の建設は途中で放棄され、
祖国に見放されたソ連兵士が残存するだけになっていたー。
あるとき、ＦＯＸを除隊した主人公スネークは薄汚れた留置所で目を覚ます。
そこは南米｢サンヒエロニモ半島｣だった。
目の前にはＦＯＸの捕虜審問官を名乗る男。彼はスネークに問いかけた
「『賢者の遺産』の残り半分はどこだ？」
