【タンカー編】

シャドーモセス島事件の後、リボルバーオセロットの暗躍によりメタルギアの技術情報が
闇市場(ブラックマーケット)に流出した。多くの亜種が世界中に拡散し、核武装国にとって
メタルギアが特別な兵器でなくなりつつある中、反メタルギア財団「フィランソロピー」の
メンバーであるソリッド・スネークは極秘裏に開発されていた新型メタルギアが密かに
輸送されるという情報を掴む新型メタルギアの情報を入手するため、ハドソン川を航行中の
偽装タンカーへ潜入を開始するスネーク。だが、その行動に合わせたかのように、
タンカーはヘリから舞い降りた謎の武装集団によって制圧される



【プラント編】
マンハッタン沖に建設された海洋除染施設『ビックシェル』環境保護のシンボルとして知られる
そのプラントが「サンズ・オブ・リバティ」(自由の仔達)と名乗る武装集団によって占拠された。
武装集団は視察に来ていた大統領を人質にとり、多額の現金を政府に要求。武装集団が
『ビックシェル』に仕掛けた爆弾が爆発すれば、大規模な科学災害が誘発し、
マンハッタン湾は有史以来最悪の環境破壊に見舞われる・・・。
未曾有の緊急事態に政府は新生ＦＯＸＨＯＵＮＤ隊員の
雷電は海面下より『ビックシェル』への単独潜入任務(スニーキングミッション)を開始した